Для выделения чистых культур наиболее часто применяют метод механического разъединения микроорганизмов. Для этого платиновой петлей делают отсев из колоний, выросших изолированно. Для отсева применяют селективные питательные среды, стимулирующие рост выделяемых микробов и подавляющие, возможно, рост других бактерий. Например, селективной средой при выделении стафилококков является агаровая среда с добавлением до 7,5% хлористого натрия.

При выделении чистых культур используют устойчивость некоторых микробов к тому или иному фактору. Например, споровые формы культур освобождают от сопутствующей неспоровой микрофлоры воздействием высокой температуры; бактерии туберкулеза очищают воздействием концентрированных растворов минеральных кислот. Для выделения чистой культуры иногда применяют биологический метод — заражают лабораторных животных.

Рассев с целью выделения чистой культуры удобно проводить по методу Дрнгальского. Из выросшей изолированно колонии платиновой петлей материал переносят в чашку с подсушенной средой и втирают шпателем или петлей. Затем этим же шпателем или петлей, вновь не набирая материал, втирают в поверхность питательной среды второй, а затем третьей чашки. Рассев можно проводить и другими способами, которые подробно излагаются в микробиологической литературе и учебниках.