Репродуктивное размножение происходит с помощью спор, которые образуются бесполым и половым путем. Поэтому различают бесполое и половое размножение. Фикомицеты размножаются половым и бесполым путем. У микомицетов преобладает бесполое размножение.
Наиболее распространено бесполое размножение с помощью спор, развивающихся на особых ответвлениях мицелия (спорангиеносцев), имеющих структуру мешков — спорангиев, в которых формируются споры (эндо; споры) или спорангиоспоры, характерные для низших, мукоровых, грибов. У грибов аскомицетов спорангии называют асками, а споры — аскоспорами. При дифференциации грибов важное значение имеет строение спорангиеносцев. Они могут быть простые или разветвленные, разветвления их — моноподиальным (центральная ось 3 боковыми ответвлениями), симподиальным.
Экзогенные споры — конидии — образуются на концевых участках особых гиф — конидиеносцах, которые могут быть простыми или разветвленными. У аспергиллов конидиеносец на конце имеет округлое вздутие, на поверхности которого сплошным слоем расположены клетки в один или два ряда — стеригмы.
Половое размножение (оогамия) разнообразно. Участи низших грибов яйцеклетки, находящиеся в женском половом органе — оогонии, оплодоворяются содержимым мужского полового органа — антеридия, в результате чего образуется ооспора. У других низших грибов (например, мукоровые) нет дифференцированных половых органов. Последние представлены короткими ответвлениями гиф, отделенными перегородками, и называются зигофорами. В половом процессе сливаются одинаковые половые клетки (зигофоры) и образуется зигоспора, а процесс слияния называют изогамия. Ооспора и зигоспора (зиготы) проходят состояния покоя. У сумчатых и базидиальных грибов зигота не превращается в покоящуюся спору, а немедленно развивается в диплоидную генерацию. В конце развития диплоидной генерации образуются сумки (аски) с аскоспорами в их полости или базидий с базидиоспорами.
