При иммунофлуоресценции непрямым методом после фиксации в ацетоне препарат вначале обрабатывают немаркированной специфической иммунной сывороткой также при 37° 30 мин во влажной камере. Затем препарат дважды промывают буферным раствором и наносят на него меченную изотиоцианатом флуоресцеина гаммаглобулиновую фракцию антивидовой иммунной сыворотки и при тех же условиях выдерживают во влажной камере. Дальнейшую обработку препаратов проводят так же, как и при прямом методе.

Непрямой метод иммунофлуоресценции более чувствительный и имеет больше возможностей для применения. С помощью антивидовой меченой сыворотки можно проводить идентификацию различных вирусных и бактерийных антигенов, применяя одновременно видовую немаркированную иммунную сыворотку. Например, при наличии набора немаркированных специфических иммунных сывороток кроликов к различным вирусным бактериальным антигенам одной меченой гамма-глобулиновой фракции сыворотки крови лошади, иммунизированной нормальной сывороткой кроликов, можно диагностировать возбудителей вирусных и бактериальных инфекций.