При проведении микробиологических исследований можно выделить четыре основных этапа: первичное выделение микроорганизмов; получение чистой культуры микроорганизмов; идентификация микроорганизмов и определение патогенных и токсических свойств.

Первичное выделение микробов осуществляют посевом нативного или разведенного материала на плотные и жидкие искусственные питательные среды. Для высева берут материал в объеме от 0,2 до 1 мл. При пересеве объем материала можно уменьшать. Высевают и пересевают материал пастеровской пипеткой, мерной пипеткой и бактериологической платиновой петлей. Хорошо применять бактериологическую петлю с электрическим накаливанием, что облегчает работу и повышает производительность.

Аэробные бактерии выделяют посевом на 2%ный глюкозный и кровяной агар и глюкозный мясопептонный бульон; анаэробны — на среду Китт — Тароцци; грибы— на суслоагар, агар Чапека, Сабуро, 2%ный МПА с 1% глюкозы. Индикацию вирусов проводят инокуляцией материала в культуру клеток тканей или куриные эмбрионы. Для первичного выделения бактерий и вирусов исследуемый материал можно вводить также лабораторным животным.