Вирусы можно различать по размерам (метод фильтрации), типу нуклеиновой кислоты (ДНК или РНК), структурному типу капсидной симметрии, по чувствительности к 20%ному этиловому эфиру и хлороформу, а также по устойчивости к температуре 50°С и по другим показателям.

Для индикации и идентификации вирусов проводят микроскопическое исследование (вирусоскопию, окрашивание и обнаружение включений с помощью иммунофлуоресценции) и биологическую пробу с постановкой реакции нейтрализации ЦПД и бляшкообразования, реакции гемагглютинации, реакции торможения гемагглютинации, реакции гемадсорбции, реакции торможения гемадсорбции, реакции связывания комплемента и др.

Микроскопические методы исследования. Под обычным микроскопом можно обнаружить элементарные тельца вирусов, имеющие размеры более 150 нм. Вирусы меньших размеров можно распознать только электронным микроскопом.

Для исследования в проходящем свете микроскопа, а также для фазовоконтрастной и люминесцентной микроскопии готовят мазки, отпечатки или гистологические срезы и окрашивают их. С помощью фазово-контрастной установки выявляют включения крупных вирусов и в неокрашенных мазках.