Добавление в плотные среды индикаторов (эозин, метиленовый синий) позволяет проводить индикацию и разделение смешанных культур. Например, колонии микробов, сбраживающих лактозу на среде Эндо, окрашиваются в красный цвет. Микроорганизмы, не сбраживающие лактозу, образуют светлые колонии. Для выявления ферментативных свойств к 2%ному мясопептонному агару добавляют эозин (0,04%) и метиленовую синь (0,0065%). Для предупреждения диффузии кислоты и окрашивания соседних колоний в среду рекомендуют добавлять буферные растворы.

Обязательным условием использования всех питательных сред при микробиологических исследованиях является предварительная проверка их ростовых качеств. Для этого практикуется высев на среду эталонного штамма соответствующей культуры. Плотные питательные среды признают годными, если вырастает не меньше 30% колоний при посеве 40 и 100 микробных клеток. Жидкие питательные среды должны обеспечивать характерный рост микробных клеток, свойственных для данного вида микроорганизмов.