Бактериоспермия происходит в результате миграции аутофлоры (микробов комменсалов, населяющих обычно кишечник) при ослаблении защитно-барьерной функции организма. Она очень часто отмечается у быков-доноров при ослаблении организма, вызванном нарушением ветеринарно-санитарных и зоотехнических норм содержания и кормления их. Кроме того, степень чистоты спермы зависит и от технологии получения, разбавления и хранения спермы. У здоровых животных контаминация спермы происходит главным образом микроорганизмами, попавшими с кожи, шерсти, препуциального мешка, а также из окружающего воздуха.

Следовательно, на основании литературных данных и собственных исследований, можно сказать, что из половых желез здоровых самцов выделять полезных, или, по крайней мере, сапрофитных микробов, которые присутствовали бы постоянно и выполняли физиологическую роль, не удается. Поэтому нельзя говорить о постоянстве обитания в половых органах самцов и в сперме того или иного микроба лишь на том основании, что он при определенных условиях обнаружен у многих производителей. Выделение любого микроба из организма со спермой нужно рассматривать как случай паразитизма, т. е. проявление инфицированности. Истинные сапрофиты не могут питаться за счет тканей организма и размножаться в половых железах. Степень поражения половых органов такой микрофлорой и проявление ею болезнетворного действия в большой степени зависит от резистентности организма животных.