Факторы, способствующие развитию у лошадей ботриомикоза, те же, что и при инфицировании гноеродной микрофлорой. Среди них первостепенное значение имеет оставление длинной культи канатика с частью ткани придатка семенника. Это подтверждено многочисленными наблюдениями исследователей.
Патологоанатомические изменения со стороны самой культи канатика при ботриомикозном поражении характерны. Первоначально вспышка процесса проявляется равномерной инфильтрацией нижнего отрезка культи. В дальнейшем на первый план выступает интенсивное разрастание соединительной ткани. В результате перерождения и прорастания фиброзной тканью культя канатика превращается в булавовидное бугристое образование. Влагалищная оболочка и эластичные ткани стенки мошонки также превращаются в сплошной, толстый пласт фиброзной ткани.
На разрезе пораженная ткань представляется однотипной, белого цвета, с включением фокусов гнойного распада. Они выделяются на плоскости разреза коричневатым оттенком. В последующем очаги нагноения увеличиваются в объеме, сообщаются между собою узкими каналами, прорывают наружу, открываясь обычно в нескольких местах. Каналы прорывов в процессе гранулирования превращаются в свищи с длительным отделением гноя. С течением времени некоторые из них закрываются; рядом или в более отдаленных участках поражения возникают новые каналы. Такой процесс тянется длительное время, в отдельных случаях годами.