При изучении раннего иммунологического ответа у иммунизированных морских свинок было показано, что можно отметить различия между западными и восточными штаммами вируса клещевого энцефалита (после двух инъекций антигена).
При использовании сывороток, взятых в различные сроки со дня заражения овец, также не отмечено различий между восточными и западными штаммами в реакции торможения гемагглютинации. Можно было говорить лишь о различии титров антигемагглютининов в шотландской антисыворотке при применении в РТТА вируса шотландского энцефалита и вируса восточного клещевого энцефалита. Также не было отличий в титрах вируснейтрализующих антител в сыворотках западных штаммов при титровании с различными антигенами. Овечья шотландская антисыворотка со своим гомологичным штаммом давала более высокие титры в сравнении с восточными. Также вела себя и восточная антисыворотка.
Приведенные данные говорят о том, что до сих пор в подходе к изучению различий между вирусами клещевого энцефалита еще не разработаны наиболее важные направления. Нам кажется наиболее плодотворным поиск в направлении отличий между штаммами в динамике патоиммуногенеза, когда имеется возможность встретиться не только со зрелыми формами вируса.