Период выздоровления протекает длительно, нередко с затяжным астеническим состоянием и приводит в отдельных случаях к временной нетрудоспособности и инвалидности. Обследование 98 больных, перенесших КЭ в 1959 г., показало, что только 41 человек считал себя практически здоровым. Остальные 57 человек предъявляли различного рода жалобы (головная боль, раздражительность, сниженная работоспособность, быстрая утомляемость, снижение успеваемости, половая слабость, недержание мочи и др.). При осмотре обычно отмечались отдельные признаки поражения нервной системы, симптом Горнера, анизокория, асимметрия лицевой мускулатуры, отклонение языка, феномены орального автоматизма, обычно высокие сухожильные рефлексы, иногда их неравномерность, снижение и асимметрия брюшных рефлексов. У некоторых больных наблюдались симптомы Бабинского, Оппенгейма.

По данным невропатолога И. И. Дерюшовой, у больной Б. (Омутнинский район), которая заразилась КЭ, употребляя сырое козье молоко, спустя 3 месяца после выздоровления развилась кожевниковская эпилепсия. В Кирово-Чепецком районе (алиментарный путь заражения) у больного И. развился синдром энцефаломиелита с прогредиентным течением. Наличие этих синдромов у лиц, заразившихся при употреблении в пищу сырого козьего молока, свидетельствует об отсутствии принципиальной разницы в интенсивности поражения нервной системы при различных путях заражения. Полученные результаты согласуются с данными В. И. Вотякова и И. И. Протаса, отмечавших отсутствие существенных различий в клиническом течении КЭ при клещевом и алиментарном заражении.

А. Н. Лопатин, Д. К. Львов, П. С. Бабкин наблюдали случаи повторного заболевания в результате реинфекции (трансмиссивный путь заражения). Мы отмечали подобный случай при алиментарном заражении. Так, в Малмыжском районе в 1961 г. наблюдалась больная М., которая перенесла КЭ в 1960 г.— алиментарное заражение (диагноз поставлен проф. А. Н. Шаповалом).