Наблюдалась определенная группировка вирусов по признаку церебральной активности. Все восточные штаммы вируса КЭ имели максимальный титр lgLD50, за исключением 2 штаммов — Васенкова и Хаб-9, выделенных из крови здоровых вирусоносителей. Минимальной церебральной активностью обладал штамм ТР-21. Низкие интрацеребральные титры имели штаммы вируса шотландского энцефалита. Западные штаммы вируса клещевого энцефалита распределялись подобно восточным, за исключением штамма 256, церебральная активность которого была сходна с активностью вируса шотландского энцефалита (ШЭ).

Распределение штаммов по признаку периферической нейроинвазивности было менее четким. Максимальной периферической активностью (расхождение icer и sc титров менее 2 lg) обладали многие восточные штаммы вируса КЭ, минимальной — штаммы вируса шотландского энцефалита и малайский вирус ТР-21. Следует отметить, что группа восточных штаммов вируса КЭ не являлась монолитной ни по церебральной, ни по периферической активности для мышей. Отдельные штаммы приближались по своей характеристике к таким относительно малопатогенным для человека вирусам, как малайский штамм или возбудитель шотландского энцефалита.

Минимальной инфекциозностью для мышей обладали малайский вирус (штамм ТР-21) и вирус шотландского энцефаломиелита овец. Восточные штаммы вируса КЭ, а также штаммы, выделенные в Средне-Восточной Европе и западных районах России, вирусы омской геморрагической лихорадки, киасанурской лесной болезни и Повассан были высокопатогенны для взрослых мышей и не дифференцировались на этих животных по клиническим показателям.

Наблюдалась тесная зависимость между способностью штаммов вызывать вирусемию и их периферической активностью, которая оценивалась по разнице церебрального и подкожного титров в lg LD50/ma у мышей.

Из испытанных животных пригодными для дифференциации оказались молодые овцы (3—4 месяца), обезьяны и особенно поросята.