Изменения в мозгу у животных, зараженных эталонным штаммом Софьин. У всех животных, зараженных этим штаммом, наблюдается выраженная клиника энцефалита. Оболочки мозга резко полнокровны, отечны, с кровоизлияниями, пропитаны эритроцитами,  как и поверхностные слои коры мозга. Полнокровие оболочек мозга и единичные круглоклеточные инфильтраты.

В мозгу, особенно в стволовой части его и в мозжечке, на фоне резкого нарушения кровообращения (полнокровие, стазы, кровоизлияния) встречаются очаги некроза с экстравазатами на периферии и пролиферацией глиозных элементов. Тяжело поражены нервные клетки (тигролиз, вакуолизация ядра и цитоплазмы, гиперхроматоз, пикноз одних и лизис других нервных клеток). В мозжечке — дистрофические изменения клеток Пуркинье, их гибель, а также очаги запустения. Имеется резко выраженная диффузная пролиферация глиозных элементов с образованием   гранулем.

В мозжечке особенно резко выражено нарушение кровообращения и поражение сосудов типа панваску-лита. Вокруг большинства сосудов обнаруживаются обширные инфильтраты — «муфты», состоящие из лимфоидных,  адвентициальных,  гистиоцитарных  и глиозных элементов. По периферии некоторых таких «муфт» располагаются полиморфноядерные лейкоциты.

В паравентрикулярных отделах мозга на фоне резкого полнокровия имеются очаги инфильтрации и кровоизлияния как в веществе мозга, так и в полости желудочков.