У животных, зараженных штаммами МОГ и 10, наблюдалась типичная клиника клещевого энцефалита. При патоморфологическом исследовании мозга мышей наиболее выраженные изменения обнаружены со стороны   вещества   мозга   и   менее выраженные — со стороны его оболочек. В мозгу на первый план выступает нарушение кровообращения, выражающееся в резком полнокровии, стазах, наличии геморрагии, периваскулярного и перицеллюлярного отека. В результате нарушения гемо – и ликвородинамики возникают очаги некроза. Изменение нервных клеток отмечается в виде тигролиза, вакуолизации ядра и цитоплазмы, гиперхромии, пикноза. Кроме того, отмечалась диффузная или узелковая гиперплазия глии. Наиболее отчетливо она выражена в стволовой части мозга и в мозжечке. В мозжечке имеет место поражение клеток Пуркинье (пикноз ядер, нарушение ядерной оболочки) и их гибель с образованием очагов выпадений. В белом веществе мозжечка обнаруживаются мелкие инфильтраты и очаговые скопления глиозных элементов в виде узелков. Часто наблюдается локализация воспалительных очагов в паравентрикулярных отделах мозга с субэпендимарным расположением воспалительных инфильтратов. Как правило, встречается поражение сосудов типа васкулитов, а иногда и панваскулитов с образованием периваскулярных инфильтратов в виде «муфт», состоящих главным образом из лимфо-гистиоцитарных, глиозных элементов и эндотелия сосудов.