Борьба с трипаносомозами проводится путем планового выявления и лечения больных и паразитоносителей, предохранения от укусов мух цеце посредством засетчивания помещений, применения отпугивающих средств (диметилфталата и др.), ношения белой одежды.

Для истребления мух в жилищах применяют обработку помещений ДДТ и другими инсектицидами. В лесу для этой цели пользуются зонтами или полотенцами, смазанными липким веществом. Мухи, привлекаемые движущимся объектом, массами прилипают к ловушке.

Некоторые авторы предлагают истреблять антилоп, являющихся резервуаром инфекции, но это мероприятие может принести экономический ущерб и не решает проблему, так как резервуаром инфекции служит и человек.

Применяется и химиопрофилактика путем введения здоровым антрипола, пентамидин-изотионата и других препаратов, но в оценке и эффективности единодушного мнения еще нет. Тан, Фурше [цит. по Мэн-сон-Бару (Manson-Bahr), 1954] сообщил, что введение в вену 1 г антрипола оказывает профилактическое действие в течение 6 месяцев; по другим же авторам—лишь в продолжение 6 недель. Пентамидин-изотионат с профилактической целью вводят взрослым в дозе 0,004—0,005 г на 1 кг веса каждые 6 месяцев.