В настоящее время особое внимание должно уделяться изучению морфологии экспериментальной клещевой инфекции на крупных животных, так как определение степени невротропности штаммов клещевого энцефалита не может быть разрешено на модели мышей и других грызунов. Морфологическое изучение на овцах, обезьянах и поросятах экспериментальной инфекции, вызванной заражением различными вирусами из группы клещевого энцефалита и штаммами разной вирулентности, проводилось в лаборатории патогистологии Института полиомиелита и вирусных энцефалитов АМН (А. П. Савинов, М. П. Фролова, Е. Н. Левкович, В. В. Погодина) .

Особенность поражения нервной системы при экспериментальном клещевом энцефалите у обезьян обусловлена некоторым своеобразием реакции нервных клеток на внедрение в них вируса и его тропизмом к другим тканево-структурным элементам мозга. При этом пораженными оказываются крупные невроны, особенно мотоневроны спинного мозга. Это, по-видимому, обусловлено высокой чувствительностью этих клеток к действию вируса, особенностью их обмена (например, нуклеиновых кислот), а также своеобразием архитектоники глии, ее функциональных свойств и пр. Отмечается закономерное поражение клеток Пуркинье мозжечка, нижних олив, ядер мозжечка и черного вещества. Еще в инкубационном и особенно в остром периоде заболевания это поражение характеризуется выпадением невронов и умеренной очаговой реакцией глии. В дальнейшем этот процесс усиливается вплоть до полной гибели клеток Пуркинье и черного вещества.