Механическое воздействие клонорхисов состоит в повреждения стенок желчных и панкреатических протоков и желчного пузыря присосками и шипиками, покрывающими поверхность тела молодых гельминтов. Скопления паразитов обусловливают замедление тока желчи и секрета поджелудочной железы. Известны случаи полной закупорки общего желчного протока пробкой из клонорхисов с последующим возникновением ретенционной желтухи. Отто и Тшен-Тшинг (Otto и Tscha-Tsehing, 1935) описали закрытие протока желчного пузыря яйцами гельминтов. Нервнорефлекторные влияния обусловливаются механическим, а возможно, и токсическим раздражением нервных элементов протоков, в результате чего возникают патологические нервные импульсы, передающиеся прежде всего на желудок и двенадцатиперстную кишку, которые имеют с гепатобилиарной системой и поджелудочной железой тесную анатомо-физиологическую связь.

Поэтому у многих больных клонорхозом наступают нарушения секреторной и моторной функций желудка и моторики двенадцатиперстной кишки.

Вследствие раздражения блуждающего и симпатического нервов возникают дискинезии желчных протоков и желчного пузыря. Дискинезии желчных путей, скопления в них паразитов, яиц, клеток слущенного эпителия, слизи и связанное с этим замедление, а временами и полное прекращение тока желчи создают условия, благоприятные для развития бактериальной инфекции, возбудители которой проникают в печень нисходящим (гематогенным) и восходящим (из кишечника по протокам)  путем.

Железистую пролиферацию эпителия желчных и панкреатических протоков следует рассматривать как предраковое состояние, иногда реализующееся в раковое новообразование. Об этом говорят наблюдения Катсурада (Katsurada, 1897), Портера и Пипье (Porter и Pipie, 1922) и других авторов. Олт (Olt, 1927) установил наличие рака печени у 1,14% больных клонорхозом и только у 0,35% лиц, свободных от этого гельминтоза (цит. по К. И. Скрябину и А. И. Петрову, 1950).