Активная вегетативная форма дизентерийной амебы, находясь на поверхности слизистой кишки и криптах, быстро размножается и усиленно поражает клетки слизистой оболочки толстой кишки хозяина. При этом она выделяет протеолитический фермент, приводящий к  усиленному цитолизу, что способствует проникновению ее в стенку толстой кишки [Веньон (Wenyon, 1926); В. Б. Сченснович, 1947].

Факторами, способствующими активизации патогенных амеб и их проникновению в слизистую, считаются: ослабление сопротивляемости организма, присоединение кишечной инфекции и пр. Выделяемые в результате раздражения слизь и продукты клеточного некроза закупоривают просвет либерконовых желез, образуется желтоватый узелок — микроабсцесс, который постепенно увеличивается, соединяется с другим абсцессом. Абсцессы углубляются в толщу слизистой, достигая подслизистого и мышечного слоя. В результате разрыва абсцессов образуются язвы, столь характерные для амебиаза кишечника. В кале таких больных обнаруживаются вегетативные стадии амебы.

Патогенные амебы, внедрившись в слизистую, могут достигать мышечного слоя и даже серозной оболочки. Они могут проникать в сосуды кишечника и по системе воротной вены — в печень, вызывая одно из тяжелых осложнений амебной дизентерии— абсцесс печени. А. Н. Окиншевич (1910) описал в Баку 200 абсцессов печени, Р. О. Еолян (1949) в Армении—80 случаев, Е. К. Пипия в Грузии—73 случая. Полость гнойника печени обычно бывает заполнена коричневато-шоколадным гноем.

Язвы обычно локализуются в слепой, восходящей, сигмовидной и прямой кишках. Они имеют подрытые, слегка приподнятые края, дно их сальное или слегка некротизированное, размеры—2—2О мм. Сидят они обычно на чуть гиперемированной слизистой. По ходу заболевания язвы рубцуются или углубляются. Мы иногда обнаруживали перфорации с ограниченным перитонитом или амебомы — опухолевидные разрастания в просвет кишки. В редких случаях наблюдаются быстро некротизирующиеся язвы, гангренозные формы амебиаза с очень тяжелым течением.