Желтая лихорадка — тяжелая болезнь, но в известном проценте случаев она может протекать и в легкой форме. Инкубационный период 3—9 дней. Течение болезни в типичных случаях складывается из двух фаз, отделенных обычно короткой ремиссией.

Первая фаза. Болезнь начинается обычно с потрясающего озноба, за которым следует повышение температуры до 39—40°. На этих цифрах температура держится в течение 3—4 дней, а затем падает до 37—38°. Пульс учащен до 120—130 ударов в минуту. Отмечаются сильная головная боль, боли в эпигастрии, в мышцах спины и нижних   конечностей.

Больные очень возбуждены, беспокойны, мечутся в кровати, страдают светобоязнью. В тяжелых случаях наступает бред. Язык обложен посередине и красный по краям. Губы и рот в тяжелых случаях покрыты фулигинозным налетом. С самого начала болезни больных мучает тошнота и рвота. Селезенка и печень немного увеличены и болезненны при пальпации. Со стороны почек отмечаются явления инфекционной альбуминурии.

В этой фазе болезни очень характерен внешний вид больного—так называемая амарильная маска: лицо одутловатое, красное, конъюнктивы гиперемированы.

Вторая фаза. Переход во вторую фазу начинается с 4—5-го дня болезни после недлительного (на 12—24 часа) падения температуры. Этот период заболевания характеризуется развитием желтухи, геморрагического диатеза и уремии. Ранним признаком желтухи является смена тахикардии брадикардией (пульс до 60 ударов в минуту). Температура повышается до гипертермических цифр — 40—41° и держится на этих цифрах еще 4—5 дней, после чего наступает ее критическое падение.

Желтуха к 8—9-му дню болезни становится очень интенсивной, цвет кожи приобретает красно-коричневый оттенок, в моче нарастает альбуминурия и гематурия, остаточный азот в крови увеличивается до высоких цифр. Появляются кровоточивость десен, носовые и кишечные кровотечения, геморрагии на коже на фоне полиморфной сыпи. Очень часто отмечается черная рвота — цвета кофейной гущи.

Со стороны нервной системы нередко имеют место явления токсического энцефалита, со стороны крови нейтрофильный лейкоцитоз и анэозинофилия; в сыворотке — прямая и непрямая реакция на билирубин, в моче — билирубин и повышенное количество уробилина. Кал окрашен.

Различают две формы болезни: тяжелая форма, только что описанная, и ослабленная форма, при которой температура держится не более 4—5 дней, желтуха не достигает значительной степени, геморрагический диатез не осложняет течения болезни. Иногда ослабленные формы желтой лихорадки принимают за другие болезни — грипп, инфекционный гепатит (болезнь Боткина).