Иногда при заражении животных штаммами, обладающими наибольшей патогенностью, особенно при высокопатогенных для овец и поросят штаммах шотландского энцефаломиелита, наблюдалось ареактивное течение инфекции, малая выраженность пролиферативной реакции специфических гистиоцитов мозга. В таких случаях речь идет, по-видимому, об угнетении этих элементов действием вируса. Это угнетение, вероятно, является одним из факторов, обусловливающих прогредиентное течение клещевого энцефалита.

Изучение материала от 26 обезьян показало, что энцефалитические явления были ярко выражены при заражении животных 7 штаммами, обладающими по антигенным и иммунологическим свойствам разной степенью вирулентности (Софьин, Фатеев, Юр., Васенкова, шотландский энцефаломиелит, западные штаммы Нург и ТР-21). Эти данные указывают на высокую чувствительность обезьян к вирусу клещевого энцефалита. При этом ранее всего вовлекаются в патологический процесс клетки Пуркинье, нижней оливы и черного вещества. Изменения в них нередко более выражены, чем в спинном мозгу.

В то же время меньшую чувствительность к действию вирусов клещевого энцефалита обнаружили поросята и еще меньшую — овцы. Изучение центральной нервной системы овец, зараженных разными штаммами (восточными— Софьин, Хаб-7 и 9, малайский ТР-21, Повассан, киасанурской лихорадки, двумя  шотландскими штаммами, МО и ОГЛ), показало неодинаковую нейровирулентность некоторых из них (А. П. Савинов). При этом более слабые морфологические изменения были в отдельных случаях выявлены при отсутствии клинической симптоматики (штамм Хаб-9).