У мышей, зараженных штаммами нейротропных вирусов, выделенными из клещей I. ricinus и D. pictus, собранных в полесских районах Украины, в мозгу при патогистологическом исследовании обнаружены изменения в основных чертах сходные с таковыми, наблюдаемыми в мозгу мышей, зараженных эталонным штаммом.
В мозгу у мышей с выраженной клиникой клещевого энцефалита изменения в основном локализовались в веществе мозга (полушария, ствол мозга, мозжечок) и менее выраженными были в его оболочках. На первый план выступает сосудистый компонент: расстройство кровообращения (полнокровие, стазы,геморрагии, периваскулярный и перицеллюлярный отек) и поражение сосудов типа васкулита.
У животных, у которых клиника заболевании напоминает ЛХМ, помимо характерных для этой инфекции изменений мозга, отчетливо выступали поражения сосудов и сосудистого сплетения типа васкулита. В мозжечке наблюдаются дистрофические изменения клеток Пуркинье, их гибель с образованием очагов выпадений.
Воспалительные изменения в мозгу у животных описываемой группы выражены значительно резче, чем в предыдущей, и на первом месте стоят явления деструктивно-пролиферативного васкулита.