Доказательством нормального состояния большинства клеток является наличие в культуре значительного количества митозов. Больше того, на этих сравнительно ранних сроках после заражения отмечена некоторая стимуляция митотической активности, описанная ранее при воздействии на клетки тканевых культур вирусов полиомиелита (С. Я. Залкинд и Л. Г. Степанова, 1960) и оспенной вакцины (С. Я. Залкинд и др., 1962).

Через 48 часов после инокуляции вируса количество дегенерированных клеток увеличивается, наблюдается резкое разреживание пласта, связанное с гибелью значительного их числа. Тем не менее, и на этой сравнительно поздней стадии воздействия вируса отмечается присутствие нормальных клеток, наблюдаются отдельные митозы. На данной стадии помимо изменения формы клеток наблюдается также и повреждение ядер — гиперхромазия, пикноз и отложение глыбок хроматина в цитоплазме. Через 72 часа после инокуляции вируса цитопатический эффект усиливается, повреждается значительное число клеток, увеличивается количество детрита. Тем не менее, и на этих стадиях воздействия вируса культура в целом сохраняет свою типичную структуру: состоит из своеобразных клеточных сгущений, радиально направленных тяжей, вытянутых клеток и т. д. Даже через 96 часов после инокуляции вируса в культуре сохраняются участки нормальных по внешнему виду клеток. Это показывает, что цитопатический эффект при воздействии вируса клещевого энцефалита распространяется в пределах культуры медленнее, чем при воздействии некоторых других вирусов, например полиомиелита (С. Я. Залкинд и Л. Г. Степанова, 1960).