В 1954—1961 гг. от больных клещевым энцефалитом выделено из 127 биопроб крови 39 штаммов вируса (30,7%), из ликвора и мозга умерших — 6 штаммов. Из 28 исследованных проб грудного молока вирус не выделен. Идентифицировано в реакции биологической нейтрализации на белых мышах (РН) из 45 штаммов 31. Остальные штаммы были потеряны при длительном хранении. По этой же причине не идентифицированы штаммы и в других случаях.

От клещей из 242 проб было выделено 19 штаммов, из них 8 идентифицировано в РН. От оленьих мух, собранных с овец, был выделен 1 штамм вируса, идентифицированный в РН. От других кровососущих (D. pictus, комаров, гамазид) при обследовании 50 биопроб вирус не выделен.

13 штаммов вируса выделено из мозга рыжих полевок, землероек, сусликов, мышей полевых и домовых (из обследованных 48 биопроб). Идентифицировано 5 штаммов — от рыжей полевки, землеройки-бурозубки, крапчатого суслика. Из 17 биопроб других видов (мышь лесная, крыса водяная, еж, белка, заяц, крот, крыса домовая, ящерица) вирус не выделен.

Из 401 биопробы мозга птиц вирус не был выделен (обследовались виды: дятел, мухоловка, поползень, кукушка, ореховка, пеночка, синица, славка, канюк, иволга, горихвостка, дрозд, глухарь, сорокопут, скворец, сизоворонка, трясогузка, жаворонок, воробей, овсянка, зяблик, конек лесной, ореховка, горлица, коноплянка, тетерев, вальдшнеп).