При трансмиссивном заражении вторая волна была более продолжительной. Средняя продолжительность первой волны была 4,5 дня, второй —7 дней; при алиментарном заражении соответственно 3,5 дня и 6,7 дня. Как при алиментарном, так и при трансмиссивном заражении вторая волна чаще протекала более тяжело. Заболевание протекало с относительной брадикардией и часто с сосудистой гипотонией. Иногда в первые дни заболевания устанавливались изменения в легких воспалительного характера, что являлось причиной диагностических ошибок. В моче иногда обнаруживалось небольшое увеличение белка (до 0,99°/00), лейкоциты (до 15 — 20 в поле зрения), свежие и выщелоченные эритроциты, гиалиновые цилиндры. Изменение крови чаще характеризовалось лейкопенией. В стадии выздоровления наблюдалась нормализация числа лейкоцитов, при этом нередко обнаруживалось относительное увеличение лимфоцитов и моноцитов. Во второй волне чаще наблюдался нормацитоз и умеренный лейкоцитоз. В последнем случае увеличение числа лейкоцитов происходило за счет нейтрофилов. Какой-либо связи между формой заболевания, особенностью его течения и реакцией крови не отмечалось.
Изменения сознания характеризовались различными степенями оглушенности. У единичных больных возникали психотические состояния, которые удерживались в течение нескольких дней. Острый период заболевания протекает с симптомами раздражения мозговых оболочек, проявляющихся светобоязнью, гиперестезией, болезненностью при постукивании по костям черепа, позвоночнику, при движении глазных яблок. Иногда в первые часы заболевания обнаруживалась фригидность мышц затылка, а на второй-третий дни болезни развивались симптомы Кернига, иногда Брудзинского. Менингеальные симптомы при клинически выраженных формах можно было обнаружить спустя неделю и больше после падения температуры. Однако при легких формах заболевания менингеальные симптомы были кратковременными и могли исчезать уже в лихорадочном периоде. При люмбальной пункции обнаруживалось обычно повышение давления, часто нормальное количество белка с положительными глобулиновыми реакциями, как правило, небольшое увеличение клеток (до 10—30 в 1 мм3). Иногда число клеток достигало нескольких сотен. Клеточный состав — лимфоциты.