Инкубационный период лихорадки паппатачи колеблется от 3 до 7 дней. Болезнь начинается внезапно небольшим ознобом, а иногда и без него и сопровождается головной болью и сильными болевыми ощущениями в мышцах, особенно глазных (симптом Тауссига), поясничных и икроножных. Движение глазных яблок сопровождается резкой болезненностью. Иногда, подобно лихорадке денге, отмечаются боли в суставах.

Температура вскоре повышается до 39 или 40°, но уже через 2, 3 или 4 дня коротким кризисом падает до субнормальных цифр и удерживается на этом уровне в течение 2—5 дней, сопровождаясь резкой слабостью. У некоторых больных отмечается критическое падение температуры. Пульс несколько отстает от температуры: чаще всего он доходит до 90—95 ударов в минуту при температуре 39—40°. Тоны сердца приглушены. При осмотре больного бросаются в глаза красное и несколько одутловатое лицо, нередко herpes labialis и резкая инъекция склеральных сосудов, особенно выраженная у наружных углов глаз в виде треугольников, обращенных вершиной к роговице (симптом Пика), сильно обложенный язык, гиперемия зева, гиперемия и отечность uvulae с точечными кровоизлияниями у ее основания; изредка на теле отмечается эфемерная розеолезная сыпь (наши   наблюдения).

Несколько раз нам пришлось видеть в Ташкенте во время вспышки паппатачи резко выраженную сыпь на всем теле, похожую местами на коревую. Сыпь высыпала на 2—3-й день болезни и держалась даже после падения температуры. Тщательное обследование местности показало отсутствие там переносчиков лихорадки денге (Aedes) и наличие огромного количества Ph. papatasii, что в данном случае говорит о наличии лихорадки паппатачи с сыпью.

Катаральные явления со стороны верхних дыхательных путей, как правило, при паппатачи не наблюдаются. Иногда нам приходилось видеть сопутствующий незначительный насморк и бронхиты, что отмечали во время некоторых эпидемий и другие авторы. В редких случаях, как и при денге, при паппатачи наблюдаются носовые кровотечения, кровавая рвота, кровотечения из полости рта, кишечные кровотечения и т. п. Печень и селезенка не увеличены.

Описываемые авторами явления гастроэнтерита при паппатачи (что дало основание назвать эту болезнь gastroenteritis climatica) скорее всего относятся к обострению старого кишечного заболевания (Я. С. Конь). При исследовании крови обнаруживается умеренная лейкопения с анэозинофилией и абсолютной лимфопенией на 1—2-й день заболевания; в следующие дни развивается стойкая нейтропения с палочкоядерным сдвигом. С выздоровлением начинается быстрое нарастание процента сегментоядерных нейтрофилов. Количество эозинофилов постепенно доходит до нормальных цифр.