Обнаружение спирохет в периферической крови (тонком мазке) представляет подчас большие затруднения. Наиболее целесообразно пользоваться методoм толстой капли. Он дает положительный результат ч рез срок от 2—3 до 20—30 минут.

Подтверждается мнение Е. И. Марциновского (1921), что при клищевом спирохетозе в апиректическом периоде обнаруживаются спирохеты в периферической крови (правда, после длительных поисков).

В пунктуате костного мозга спирохеты находят главным образом е время приступа (наши наблюдения).

Во время апирексии (на следующий день после приступа, на 3-день) спирохеты в костномозговом пунктате (в толстой капле) не обнаруживаются.

Спирохеты имеются в небольшой концентрации в различных органа, и выделениях: печени, селезенке, костном мозгу, спинномозговой жидкости, моче и т. д., но наиболее частое местопребывание их — головной мозг.

Некоторые виды спирохет сохраняются в органах, особенно в головном мозгу, еще несколько месяцев спустя после последнего приступа,

Моретти (Moretti) доказал наличие спирохет в головном мозгу у экспериментально зараженных крыс в течение 103—107 дней после того, как они исчезали из периферической крови (Spirochaeta duttoni исчезла из крови крысы на 261-й день, а между тем суспензией мозга этой крысы удалось заразить другую).

Для диагностических целей можно рекомендовать метод прививки животным (по отношению к Spirochaeta sogdiana — морским  свинкам).

Кроме того, для диагностики клещевого спирохетоза применяют способ накопления спирохет.