Клинические проявления мочеполового шистозоматоза по своей тяжести весьма разнообразны: наряду со стертыми формами болезни встречаются и весьма тяжелые формы. В момент проникновения церкариев в кожу человек ощущает острую боль, синяк от укола иглой. В период миграции паразитов по организму развиваются аллергически, явления в виде лихорадки, зудящих кожных высыпаний, эозинофильны: инфильтратов в легких. Эти ранние симптомы болезни удерживаются до месяца, после чего наступает скрытый период болезни, длящийся нескольких недель до 3 месяцев. По истечении этого периода развивается слабость, недомогание, возникают головные боли, лихорадка, увеличение печени и селезенки. Через несколько месяцев после заражения появляются яйца шистозом в моче и признаки болезни, связан с их передвижением по тканям. Наиболее ранний симптом периоде — появление крови в моче. Кровь обычно выделяется капля: в конце мочеиспускания, но иногда наступает гематурия в полном смысле этого слова с наличием крови во всех порциях мочи.

При цистоскопии в острой фазе болезни устанавливается типемия слизистой мочевого пузыря и отек устий мочеточников. В поздной фазе болезни обнаруживается бледность слизистой и наличие на на шистозоматидных бугорков (скопление яиц шистозом), песчаных стен (кальцифицированные яйца), иногда полипозных образований эрозий и язв.

Обзорная рентгенография при длительно существующем шистозо-матозе выявляет линейные сетчатые или циркулярные обызвествления стенок мочевого пузыря; иногда известковые тени представляются в виде недифференцированного конгломерата. У некоторых больных мочевой пузырь и мочеточники выглядят как четко отграниченные тени, окруженные тонкой полоской известковых включений (панцырный тип, обызвествлений, по К. А. Жидиханову, 1961). При экскреторной урографии обнаруживаются стриктуры мочеточников и расширения над ними их просвета; в далеко зашедших случаях видны расширения всего мочеточника, лоханки и чашечек (Э. Г. Асламазов, 1962).

Мочеполовой шистозоматоз может осложняться камнями и фистулами мочевого пузыря, а при присоединении вторичной инфекции — и пиелонефрозом.