Изучение антигенных связей между штаммами вирусов группы клещевого энцефалита проводилось в реакции связывания комплемента и реакции преципитации в агаре. Работа велась с двумя восточными штаммами и одним западным штаммом клещевого энцефалита, а также с вирусами шотландского энцефалита, киасанурской и омской геморрагических лихорадок и малайским штаммом ТР-21.

Между двумя восточными штаммами клещевого энцефалита наблюдалась перекрестная реакция до гомологичных титров, что указывало на их антигенную идентичность. Было показано, что серологические свойства вирусов группы клещевого энцефалита определяются групповыми и типоспецифическими антигенными компонентами. По типоспецифическим антигенным компонентам взятые в опыт штаммы оказалось возможным разделить на восточные, западные и малайский. Двусторонняя перекрестная антигенная связь, обусловленная групповыми компонентами, была наиболее выражена между восточным и западными штаммами, которые в меньшей мере связаны с малайским типом.

Результаты опытов преципитации показали, что вирусы группы клещевого энцефалита имеют не менее двух преципитиногенов. Один преципитиноген групповой, обусловливающий антигенную взаимосвязь, идентичный для всех штаммов; другой — типоспецифический, определяющий антигенное различие между штаммами. Различия в антигенной структуре были обнаружены для штаммов восточного и западного энцефалитов, а также омской геморрагической лихорадки и киасанурской болезни.

Можно предположить циркуляцию в одних и тех же эндемических очагах неоднородных штаммов и вирусов группы клещевого энцефалита. Отмечена неоднородность восточных штаммов вируса КЭ: наряду со штаммами, обладающими высокой периферической активностью и высокими титрами вирусемии, имелись штаммы, малоактивные по этим показателям. Нейровирулентность штаммов, изученная в опытах на овцах и других животных, также оказалась неодинаковой. Сходные результаты были получены при изучении ряда штаммов шотландского и западного клещевого энцефалитов.