Дифференциальный диагноз в основном проводится с болезнью Боткина, желтой лихорадкой и различными желтухами, возникающими при заболевании печени (желтушные холаягиты различного генеза, обтурационная желтуха).
При болезни Боткина заболевание протекает большей частью без высокой температуры и при отсутствии септических проявлений. Со стороны крови отмечается тенденция к лейкопении при относительном лимфоцитозе, в то время как желтушный лептоспироз отмечен септическими проявлениями и характеризуется нейтрофильным лейкоцитозом при ускоренной РОЭ.
Больше всего оснований принять желтушный лептоспироз за желтую лихорадку (тяжелое течение, лейкоцитоз), но при желтушном лептоспирозе не бывает характерной «кофейной» рвоты, лихорадка более длительна; наблюдается осложнение менингитом и перикардитом, чего нет при желтой лихорадке. Решающее значение, однако, в затруднительных случаях приобретает лабораторная диагностика.
Различные вторичные желтухи нетрудно дифференцировать от желтушного лептоспироза. Сюда относится желчный тифоид, развивающийся на основе вшивого возвратного тифа, или холангиты, осложняющие септические, инфекционные заболевания или острый холецистит
