От брюшного тифа и паратифов лихорадка паппатачи отличается бурным началом, отсутствием увеличения селезенки и результатами посева крови.
От клещевого спирохетоза, начало которого может напоминать лихорадку паппатачи, последняя отличается отсутствием увеличения селезенки, картиной крови, коротким течением, тогда как клещевой спирохетоз характеризуется длительным приступообразным течением, и главное, обнаружением спирохет при клещевом спирохетозе. В отношении дифференциации от малярии нужно иметь в виду увеличение и болезненность селезенки при последней, характер температурной кривой и обнаружение плазмодиев в крови.
Особенно трудно отличить лихорадку паппатачи от гриппа. Против последнего говорит брадикардия, наличие иногда изменений со стороны кожи, отсутствие катаральных явлений б верхних дыхательных путях и осложнений.
Против лихорадки денге говорит отсутствие характерной для денге температуры, обильной сыпи, изменений в суставах, походке и пр. Правда, необходимо указать, что невыраженные случаи денге могут быть по течению идентичны лихорадке паппатачи, и тогда дифференциальное распознавание этих двух заболеваний представляет большие трудности.
За последнее время разработаны доступные для изучения простые и легкие методы диагностики лихорадки паппатачи не только по серологическим показателям, но и по выделению стабильных штаммов вируса на лабораторных животных и в культуре ткани. Вирус паппатачи удается выделить на молодых мышах до 3-дневного возраста путем заражения в мозг. Выделенные штаммы вируса идентифицируются по реакции связывания комплемента, реакции гемагглютинации и реакции нейтрализации, культивируются в почечной ткани человека, способны к бляшкообразованию, нейтрализуемому добавлением специфической иммунной сыворотки [Гендерсон и Тейлер (Henderson и Teyler, 1959)].