Своеобразие цитопатического действия вируса клещевого энцефалита на клетки культуры почечной ткани эмбриона свиньи выражается помимо более медленного развития также в том, что примерно в одинаковой степени повреждается и ядро, и цитоплазма, т. е. вызывается общее повреждение клетки, быстро приводящее ее к гибели. В этом отношении воздействие вируса клещевого энцефалита отличается от воздействия ряда других вирусов, которые вызывают локальное повреждение клетки. Например, аденовирусы изменяют ядро, вирус полиомиелита также в первую очередь повреждает ядро, вирус гриппа характеризуется образованием цитоплазматических включений и т. д. Создается впечатление, что вирус клещевого энцефалита поражает сразу всю клетку и приводит ее к гибели и распаду, чем и объясняется присутствие в культуре значительного количества детрита. Можно сказать, что специфической чертой цитопатического действия этого вируса является его крайняя токсичность, приводящая клетку к быстрой гибели.
Изучение динамики РНК показало, что на всех исследованных сроках отмечается некоторое увеличение содержания этого вещества в клетках, подвергавшихся воздействию вируса. Этот эффект выражен особенно резко в дегенерирующих клетках, где наблюдается небольшое количество грубых комковатых отложений РНК.