Превращение фолликула в кисту связано с гибелью яйцевой клетки под влиянием неблагоприятных факторов; фолликул как бы получает толчок к быстрому развитию. Смерть яйцевой клетки в фолликуле можно рассматривать как главный этап в развитии кисты, так как ни один исследователь не обнаружил в содержимом кисты жизнеспособной яйцевой клетки.
Наружная оболочка фолликула превращается в оболочку, капсулу кисты. По мере роста кисты она истончается, но нередко оболочка уплотняется, фиброзно перерождаясь, и тогда киста не разрывается даже при достаточно сильном надавливании. Гранулезный эпителий кисты обычно продуцирует гормон фолликулин. Часто эпителий кисты подвергается дегенерации и гранулезная ткань может исчезнуть. В таких случаях оболочка кисты истончается, фолликулин не выделяется. В зависимости от состояния гранулезного эпителия меняется содержимое кисты и ее гормональная активность. При достаточно высокой гормональной активности в полости кисты накапливается жидкость, напоминающая по виду транссудат или содержимое фолликула.