Основное направление противоэпизоотических мероприятий в животноводческих комплексах, как и при экстенсивной системе ведения животноводства, — это профилактика, недопущение инфекционных болезней. Уберечь животных в комплексах от инфекционных болезней — наиболее ответственная задача ветеринарной науки и практики.

Как уже было сказано, в комплексах есть так называемая внешняя (во всех случаях связанная с заносом возбудителя) и внутренняя инфекционная патология, которая гнездится как бы внутри самого поголовья и обычно является следствием плохих условий содержания, кормления и неправильной эксплуатации животных.

Первой группе инфекционных болезней должен быть противопоставлен надежный заслон в виде изучения эпизоотического благополучия хозяйств-поставщиков, профилактического карантирования поступающих животных и профилактической вакцинации. Идеальным вариантом, несомненно, является выращивание животных без всяких прививок, но это, видимо, дело будущего. В настоящее время без них не обойтись, как нельзя обойтись в современном животноводстве без перемещения животных из хозяйства в хозяйство, без комплектования хозяйств племенными животными извне, без привоза животных для откорма из многочисленных (различных по эпизоотически ситуации) хозяйств.