В профилактике инфекционных болезней птицы в комплексах большую роль играет изоляция ее от птицы частного сектора, которая, как правило, выпадает из поля зрения ветеринарного специалиста и поражается инфекционными болезнями чаще, чем птица государственных и колхозных предприятий.

Специализация производства в птицеводстве привела к разделению племенных хозяйств от предприятий по производству товарной продукции, созданию предприятий по производству мяса птицы или по производству яиц, изолированному содержанию птицы по возрастным категориям.

В отличие от системы непрерывного выращивания в одном предприятии в промышленном птицеводстве введена новая прогрессивная с производственной и профилактической сторон система «все занято—все пусто».

Дело в том, что при непрерывной системе выращивания птицы создаются условия для перманентного поддержания эпизоотического процесса при отдельных инфекционных болезнях, причем болезнь может протекать и без клинических признаков. Все это происходит потому, что имеется возможность передачи возбудителя инфекции от одной группы (партии) птиц к другой. Окружающая среда при этом сильно контаминирована (загрязнена, заражена) микроорганизмами, создаются условия для их развития, выживаемости и изменчивости. Обычно преобладают возбудители вторичных инфекций, которые снижают резистентность макроорганизма и подготавливают почву для возникновения острых инфекционных болезней. Большую опасность представляет возможность: изменчивости микроорганизмов и возникновения болезней, вызванных смешанными инфекциями.