Пути проникновения и первичного приживления вирусов в организме разнообразны и тесно связаны с механизмом передачи возбудителя инфекции. В соответствии с особенностями патогенных свойств каждый вирус обладает тропизмом и имеет орган-мишень, в клетках которого он лучше всего размножается. Существуют болезни с преимущественной локализацией поражений в органах дыхания, пищеварения, наружных покровах и т. д.

В силу анатомо-физиологических особенностей, а также поведения сельскохозяйственных животных (общение, обнюхивание, облизывание и т. п.) основными путями внедрения возбудителей большинства болезней вирусной этиологии являются желудочно-кишечный и респираторный тракты. При этом органы пищеварения и дыхания в патогенезе вирусных болезней могут служить местом непосредственного развития патологического процесса, местом первичного приживления возбудителя с последующим проникновением его в циркулирующие системы или местом прямого проникновения вируса в циркулирующие системы и приживления его в регионарных лимфоузлах.