Клиническому проявлению вирусных болезней предшествует инкубационный период, продолжительность которого обусловливается особенностями патогенеза болезни и скоростью размножения возбудителя. Локальные болезни, как правило, имеют короткий инкубационный период (1—3 дня), в то время как генерализованные инфекции развиваются более длительно. При инфекциях с инъекционным способом проникновения возбудителя продолжительность инкубации зависит также от времени распространения вируса по системе. Например, американские энцефаломиелиты лошадей имеют короткий инкубационный период, а при бешенстве наблюдается длительное развитие патологического процесса со значительным продромальным периодом. Целый ряд особенностей инкубации отличает болезни с хроническим и латентным течением и медленно прогрессирующие инфекции.

Наличие и продолжительность инкубационного периода вирусных болезней имеет важное эпизоотологическое значение в связи с тем, что в это время выявить больных животных трудно, их могут транспортировать, содержать вместе со здоровыми, и тогда больные особи становятся источником возбудителя инфекции для здоровых. Таким образом, зачастую распространяется классическая чума и везикулярная болезнь свиней, ящур свиней и овец, грипп птиц, болезнь Ньюкасла и др. Надо иметь в виду также, что при проведении массовых профилактических прививок в неблагополучных стадах у особей с инкубационным периодом болезни могут длительное время проявляться клинические формы инфекции и маскировать истинные положительные результаты специфической профилактики.